メモ程度にしか書きませんが、結論から言うと
MojaveではSIPを有効にしたまま使用する事は不可能です。
色々調べた所、こちらの公式サイトの中で記述がありました。

上記の内容をザックリ説明すると、
- コードインジェクションと言う方法を使用している。
- MacOS部分は変更していない。
- Command+Option+EscでFinderを再起動してTotalFinderを隠せる?
- 現段階では管理者であっても変更が出来ない。
みたいなニュアンスだと思います。(多分)
因みに上記の記述の上部にしっかり書いてました。

前まではSIPを無効化してcsrutilを無効にした後に再起動をしてまた有効に出来たけど、Mojaveではもう不可能だ。みたいなニュアンスですかね。
つまり今後のTotalFinderでは、SIPを無効化しない限り使用出来ない様になったという事ですね。
SIPを有効にしつつ使用できる代替ソフトがあればいいのですが…
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